What's up ?

Avant dernier jour de stage... En fait, ça fait un petit moment que je ne manipule plus car mon tuteur change de boulot : il part travailler dans un autre labo du campus. Ce nouveau poste lui permettra de manager une équipe tout en continuant des travaux de recherche donc il est content de cette bonne opportunité. Il part en même temps que moi, c'est-à-dire demain, mais en réalité dans sa tête il est parti depuis un moment d'où le fait que je ne manipule plus... Du coup j'ai pu travailler sur mon rapport de stage que j'ai définitivement terminé hier donc aujourd'hui et demain je n'ai rien à faire. Je vais sûrement modifier mon CV et écrire une lettre de motivation pour mon stage de l'an prochain.

Maintenant que je maitrise parfaitement le sujet, je peux vous expliquer mon travail de ces trois derniers mois. Eh oui, car ce n'a pas été que des vacances comme certains croient tout de même !

L'être humain est constitué de cellules souches. Ce sont des cellules indifférenciées, qui par la suite du développement cellulaire, vont se transformer en cellule de foie, en cellules de rein, etc. Les cellules souches embryonnaires sont susceptibles de créer des tumeurs, appelées tératomes, qui sont souvent bénignes mais qui empêchent le développement de nouvelles thérapies. Par exemple, les tératomes ovariens peuvent produire des poils ou des dents à l’intérieur des ovaires ! Berk !

Nanog est une protéine qui, lorsqu'elle est fortement exprimée, permet le maintien de l'auto-renouvellement des cellules souches embryonnaires. Au contraire, une faible expression de Nanog conduit à la différenciation spontannée des cellules souches embryonnaires. Parp-1 est une autre protéine qui régule Nanog mais les mécanismes qui interviennent dans cette régulation ne sont pas encore bien compris. C'est dans ce contexte qu'on a voulu supprimer l'expression de Parp-1 pour voir si cela conduisait bien à une diminution de l'expression de Nanog. Car supprimer l'expression de Nanog voudrait dire supprimer les cellules souches responsables des tumeurs. Pour réduire l'expression de Parp-1 on a utilisé la méthode de l'interférence ARN. On a fabriqué un vecteur (ADN circulaire) contenant le shRNA de PARP-1. Et là je vous envoie sur wikipédia pour savoir ce qu'est un shRNA et comment ça fonctionne car c'est un peu compliqué. Sinon, admettez que cela permet de réduire l'expression de PARP-1. On a d'abord cloné ce vecteur dans des cellules humaines pour tester la construction. Ca fonctionnait bien. Ensuite on a intégré ce vecteur dans des cellules de souris. Ca fonctionnait encore bien. On a donc testé l'expression de Nanog et malheureusement son expression n'a pas été diminuée. C'est peut-être dû au fait que l'expression de Parp-1 dans les cellules de souris n'avait pas été suffisament réduite (seulement de 26 %). Quelqu'un d'autre du labo va continuer sur ce projet.

Pour voir si l'expression avait été diminuée on a fait des western blot. On a fait migrer nos échantillons de protéines dans un gel qui les sépare selon leur poids moléculaire c'est-à-dire selon leur taille. Plus elles sont grosses moins elles migrent. Ensuite on transfert sur une membrane qu'on révèle dans une chambre noire comme pour les photos. Voici les résultats :

On voit bien sur la 1ère image que l'expression a été diminuée car les deux bandes de droite (shRNA) sont plus fines que celles de gauche (CTRL, le témoin). Par contre, sur la 2e image les deux signaux de Nanog sont pareils donc ça n'a pas marché. Snif !

Biensûr tout cela est expliqué rapidement mais si vous êtes intéressés je peux vous envoyer mon rapport de stage (en anglais !).